公曆1861年，咸豐皇帝去世。隨後不久，「辛酉政變」爆發，慈禧太后誅殺了咸豐帝留下來的輔政大臣，掌握了大清朝最高權力。不過，此時慈禧太后是沒有心情享受奪權後的喜悅的。因為咸豐帝雖然死了，但是「道咸衰世」留下來的爛攤子，還客觀擺在慈禧太后面前。此時的大清早已陷入內憂外患的局面：在內地，北方捻軍和南方的太平天國讓清軍焦頭爛額。外面，自從1840年鴉片戰爭爆發以來，各路列強一直對我中國垂涎三尺。

禍不單行，慈禧掌權不久，新疆地區又出現了變數。中亞浩罕國利用大清西部防務空虛的機會，入侵新疆。浩罕國將領阿古柏趁機在新疆建立哲德沙爾國，準備將新疆撕裂出去。而與此同時，英國在吞併全印度以後，也想染指新疆，北方的沙俄在這個節骨眼上，和英國有了一樣的想法——哲德沙爾國也好，浩罕國也罷，都不足畏懼，倒是英俄，讓清廷感到壓力。起初清廷沒有閑暇處理新疆的戰亂，直到內地局勢穩定後，清廷才派遣左宗棠平定西北的戰亂。

但是就在這時候，大清的東南海疆又遭到列強的侵擾，而清朝在戰亂後，出現財政吃緊的局面，沒有足夠的財力同時支持兩線開戰。一時間，清廷就防務問題分成了兩派：一派是海防派，理由是道光朝以來，真正讓大清無力抵禦的禍患來自海上，因此大清要優先發展海防；另一派則是塞防派。

塞防派認為：新疆固然看起來屬於偏遠之地，但是，在被列強環伺的大清，需要新疆來拱衛。因為如果新疆丟失，那麼英俄的勢力必然深入甘肅和青海以及蒙古各部。而後英俄會如果瓜分新疆一樣，繼續瓜分蒙古各部和青海、甘肅。最終，京師乃至整個中原都會陷入無險可守的狀態，到時候大清朝將永無寧日。

對於慈禧太后來說，海防不足帶來的危害她親身經歷過：因為當年咸豐帝帶著自己出逃熱河，就是因為英法聯軍的海軍強大，清軍只能被動挨打，最終才導致京城丟失。但是，慈禧太后更知道，海防不足，自己還可以逃亡熱河躲一陣子，倘若塞防不足，大清屏障丟失，大片國土淪喪，自己即便是想出逃，只怕也無路可走了。

想到這，慈禧太后以同治皇帝的名義頒布詔書，支持左宗棠收復新疆，並且表示，大清朝哪怕是砸鍋賣鐵，也必須收復新疆。在左宗棠的攻勢下，哲德沙爾國土崩瓦解，阿古柏也在戰亂中身亡，但是，沙皇俄國卻陷入猶豫狀態：一方面沙俄不願意和大清爆發大規模戰爭，另一方面，沙俄又不願意放棄已得利益。最終，大清方面做出讓步：向沙俄賠償五百萬兩白銀，沙俄需要撤出新疆。就這樣，雖然過程有些屈辱，但新疆，還是收回了。